Miejskie Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji S.A. w Krakowie zostało utworzone w drodze przekształcenia przedsiębiorstwa komunalnego w jednoosobową Spółkę Gminy Miejskiej Kraków aktem notarialnym z dnia 29 kwietnia 1994 roku, zawierającym akt przekształcenia oraz statut. Spółka została powołana na czas nieokreślony.

Postanowieniem Sądu Rejonowego dla Krakowa - Śródmieście Wydział VI Gospodarczo - Rejonowy z dnia 22 czerwca 1994 roku wykreślono MPWiK z rejestru przedsiębiorstw państwowych i wpisano do Rejestru Handlowego jako Spółkę Akcyjną. W wyniku przekształcenia utworzona Spółka przejęła wszystkie prawa i obowiązki dotychczasowego przedsiębiorstwa państwowego. Dnia 30 października 2001 roku Spółka została wpisana do Krajowego rejestru Sądowego pod Nr 0000057956.

Aktem notarialnym z dnia 28 sierpnia 1996 roku Miasto Kraków jako jedyny akcjonariusz Spółki wniosło w charakterze aportu 100 % akcji Spółki do Krakowskiego Holdingu Komunalnego S.A. (KHK S.A.).

W dniu 25 września 1996 roku została zawarta Umowa o utworzeniu Podatkowej Grupy Kapitałowej (PGK) pomiędzy KHK S.A. jako spółką dominującą a MPEC S.A., MPK S.A. i MPWiK S.A. jako spółkami zależnymi. Nadrzędnym celem utworzenia PGK w rozumieniu przepisów Ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (PDOP) była możliwość pozyskiwania przez Spółki ją tworzące dodatkowych środków na finansowanie inwestycji poprzez możliwość obniżenia podatku dochodowego od osób prawnych. W związku z tym, iż wszystkie spółki tworzące PGK zaczęły wypracowywać zyski oraz mając na uwadze fakt, że w wieloletnich planach działalności Spółki nie przewidywały ponoszenia strat podatkowych dotychczasowy cel funkcjonowania PGK (cel inwestycyjny) stracił podstawę istnienia. Dlatego też w 2017 roku Spółki podjęły decyzję o rozwiązaniu umowy o PGK.

W dniu 28 września 2017 roku została zawarta nowa umowa o utworzeniu PGK pomiędzy KHK S.A. jako spółką dominującą a MPEC S.A., MPK S.A., MPWiK S.A. oraz ARM S.A. jako spółkami zależnymi. Czas trwania umowy obejmuje okres od 1 stycznia 2018 do 31 grudnia 2032 roku. Nowa PGK zgodnie z ustawą o PDOP musi spełniać warunek rentowności, co oznacza, iż za każdy rok podatkowy udział dochodów w przychodach powinien wynosić co najmniej 2%. Zgodnie z uchwałą Rady Miasta Krakowa nr LXXXIII/2049/17 z dnia 27 września 2017 roku efekt podatkowy przeznaczany będzie na wskazane uchwałą Walnego Zgromadzenia KHK S.A. cele w spółkach tworzących PGK.

W dniu 28 lutego 2018 roku zawarta została Umowa Generalna o zasadach działania Podatkowej Grupy Kapitałowej celem ustalenia wzajemnych praw i obowiązków spółek tworzących PGK.

Funkcje właścicielskie wobec Spółki pełni KHK S.A., którego właścicielem jest Miasto Kraków.

Podstawowymi aktami prawnymi działania MPWiK S.A. są w szczególności: ustawa Kodeks Spółek Handlowych, ustawa Prawo wodne, Ustawa o zbiorowym zaopatrzeniu w wodę i zbiorowym odprowadzaniu ścieków, ustawa Prawo Ochrony Środowiska, Ustawa o gospodarce komunalnej, statut Spółki, umowa generalna o zasadach działania Podatkowej Grupy Kapitałowej.

Spółka prowadzi działalność w zakresie zbiorowego zaopatrzenia w wodę i zbiorowego odprowadzania ścieków na podstawie zezwolenia wydanego przez Prezydenta Miasta Krakowa. Decyzją Prezydenta Miasta Krakowa nr IM-02.0154-1/10 z dnia 5 sierpnia 2010 roku przedłużono termin obowiązywania zezwolenia do 31 grudnia 2040 roku.