Miejskie Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji S.A. w Krakowie zostało utworzone w drodze przekształcenia przedsiębiorstwa komunalnego w jednoosobową Spółkę Gminy Miejskiej Kraków aktem notarialnym z dnia 29 kwietnia 1994 roku, zawierającym akt przekształcenia oraz statut. Spółka została powołana na czas nieokreślony.

Postanowieniem Sądu Rejonowego dla Krakowa - Śródmieście Wydział VI Gospodarczo - Rejonowy z dnia 22 czerwca 1994 roku wykreślono MPWiK z rejestru przedsiębiorstw państwowych i wpisano do Rejestru Handlowego jako Spółkę Akcyjną. W wyniku przekształcenia utworzona Spółka przejęła wszystkie prawa i obowiązki dotychczasowego przedsiębiorstwa państwowego. Dnia 30 października 2001 roku Spółka została wpisana do Krajowego rejestru Sądowego pod Nr 0000057956.

Aktem notarialnym z dnia 28 sierpnia 1996 roku Miasto Kraków jako jedyny akcjonariusz Spółki wniosło w charakterze aportu 100 % akcji Spółki do Krakowskiego Holdingu Komunalnego S.A. (KHK S.A.).

W dniu 25 września 1996 roku została zawarta Umowa o utworzeniu Podatkowej Grupy Kapitałowej (PGK) pomiędzy KHK S.A. jako spółką dominującą a MPEC S.A., MPK S.A. i MPWiK S.A. jako spółkami zależnymi.

Funkcje właścicielskie wobec Spółki pełni KHK S.A., którego właścicielem jest Miasto Kraków.